1614  Zukauf eines weiteren Grundstückes in südlicher Richtung.

1632  17. Mai. Das Heer der Schweden unter Gustav II. Adolf rückt auf München zu. Um den Schweden keine Schanzmöglichkeit zu geben, werden alle Gebäude vor der Stadtmauer eingeebnet, so auch die Friedhofskirche San Salvator. Gustav II. Adolf verlangt von den Münchner Bürgeren 450.000 Gulden, es werden 144.000 Gulden aufgebracht und übergeben, am 6. Juni ziehen die Schweden ab und die Stadt bleibt verschont.

1633 - 1635  Schwere Pestepidemie, ca. 15 000 Opfer werden in Massengräbern am südlichen Teil des Friedhofes bestattet. Ungefähr 7 000 davon Münchner Bürger, damit sind die Bewohner innerhalb der Stadtmauer gemeint, die Opferzahl derer die vor den Toren der Stadt lebten, dürfte sich auf ca. 8000 belaufen.

1675  11. Juli. Kirchweih von St. Kajetan (Theatinerkirche), Theatinerstraße 32, samt Grüften.

1682  Wiederaufbau der Friedhofskirche an fast der selben Stelle, nur ein paar Meter weiter östlich. Sie wird St. Stephan geweiht.

1688  Eröffnung des kleinen Friedhofes um St. Kajetan, die Schließung fand 1789 statt.

1705  24. Dezember. Die Sendlinger Bauernschlacht, ein Massengrab für 682 Opfer wird auf dem damaligen südlichen Ende angelegt. Später wird hier ein Denkmal für die Opfer errichtet. Der Gedanke stammte von Andreas Schmeller, der Entwurf von Friedrich von Gärtner, die Bronze dafür stiftete König Ludwig I. in Form einer Kanone. Der Guss erfolgte in der königlichen Erzgießerei, unter der Leitung von Johann Baptist Stiglmaier.

1760  Die Leichenschau wurde gesetzlich verordnet.

1774  21. Februar. Es wird beschlossen, Hingerichtete am Tag der Hinrichtung nach Sonnenuntergang neben dem äusseren Friedhof zu bestatten und nicht, wie bisher üblich, an der Stätte ihrer Hinrichtung. Zudem waren die Kapazitäten der innerstädtischen Kirchfriedhöfe nahezu erschöpft, es wurden Überlegungen angestellt, einen neuen Friedhof vor dem Schwabinger Tor oder dem Neuhauser Tor anzulegen. Die Standesunterschiede konnten auf dem Alten Südlichen Friedhof nicht genug hervorgehoben werden, der Gedanke eines Arkandenganges wurde geboren.

1780  Erwirbt der Hofkriegsrat den südlichen Teil, sprich den Bestattungsort der Pestopfer von 1634 mit vier grossen Massengräbern, sowie den protestantischen Teil als Soldatenfriedhof.

1780  November. Erfolgt die Weihe des neu angelegten Militärfriedhofs. Es dürfte sich dabei um die heutigen Gräberfelder 7 bis 14 handeln.

1784  Pläne zur Schließung der innerstädtischen Friedhöfe.

1786  Ende der "Commulativ-Verwaltung", sprich einer Verwaltung deren Zusammensetzung aus Vertreten der beiden Pfarreien, dem Bürgermeister und dem Rat der Stadt bestand. Ab diesem Zeitpunkt eine Reihe wechselnder Formen der Verwaltung.